In de huizen van de kapittelheren achter de Lebuinuskerk ontstond in het midden van de twaalfde eeuw een kapittelschool. De kapittelheren waren hoge geestelijken die het bestuur van de kerk vormden. Naast Latijn vormde ook muziek een belangrijk vak op de school. De leerlingen werden opgeleid voor belangrijke functies in de kerk. In 1375 werd de school door het stadsbestuur overgenomen en ruim honderd jaar later werd de school gehuisvest in een pand aan het Grote Kerkhof tegenover de Grote Kerk. Onder de leiding van rector Alexander Hegius kwam de Latijnse school in de vijftiende eeuw tot grote bloei en trok leerlingen uit de verre omgeving. Een van de bekendste leerlingen was Desiderius Erasmus uit Rotterdam, die uitgroeide tot een beroemd geleerde. Op de Latijnse school werd les gegeven in de zeven vrije kunsten: taalkunde, spreken, redeneren, rekenen, meetkunde, sterrenkunde en muziek. Ook Grieks kwam op het lesprogramma. Latijn en logisch redeneren groeiden uit tot de belangrijkste schoolvakken. In de zeventiende eeuw ging het met de school bergafwaarts. In 1630 probeerde men het roemruchte verleden van de Latijnse school nieuw leven in te blazen door de oprichting van het Athenaeum Illustre. De Latijnse school zelf ging in 1848 over in een gymnasium.